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寬視野熒光顯微鏡的圖像處理
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北京長(zhǎng)恒榮創(chuàng)科技

時(shí)間 : 2020-11-21 17:07 瀏覽量 : 397

    寬視野熒光顯微鏡通常用于可視化生命科學(xué)標(biāo)本中的結(jié)構(gòu)并獲得有用的信息。通過(guò)使用熒光蛋白或染料,可以以高度特異性的方式標(biāo)記不連續(xù)的樣品成分。為了完全理解結(jié)構(gòu),可能需要在3維上對(duì)其進(jìn)行可視化,但是在使用顯微鏡進(jìn)行成像時(shí)會(huì)面臨某些挑戰(zhàn)。


    要?jiǎng)?chuàng)建結(jié)構(gòu)的3D圖像,必須考慮到光學(xué)器件的視場(chǎng)和景深有限,因此要獲取來(lái)自對(duì)焦區(qū)域和離焦區(qū)域的信號(hào)信息。另外,可能發(fā)生衍射。散焦和散射光會(huì)導(dǎo)致形成“模糊”圖像。


    從歷史上看,去卷積技術(shù)已用于消除散焦光。現(xiàn)在,有一種計(jì)算清算技術(shù),它是一種創(chuàng)新的徠卡光電技術(shù),超越了反卷積技術(shù),可提供更清晰的圖像和更逼真的結(jié)構(gòu)3D表示。


    問(wèn)題:為什么圖像模糊?


    每個(gè)熒光顯微鏡用戶都希望擁有盡可能多的感興趣結(jié)構(gòu)的詳細(xì)信息。這里的問(wèn)題在于光學(xué)系統(tǒng)產(chǎn)生逼真的圖像的能力有限。所有光源,例如樣本中的熒光蛋白,都會(huì)發(fā)出散射光。在實(shí)踐中,根據(jù)樣品的厚度,散射會(huì)導(dǎo)致信號(hào)模糊。為了克服這個(gè)問(wèn)題,已經(jīng)開(kāi)發(fā)了不同的方法。


    消除帶針孔的焦點(diǎn)光


    共聚焦顯微鏡通過(guò)在激發(fā)和發(fā)射光路中使用小孔的精密定位來(lái)排除離焦信息。這種方法導(dǎo)致較大的垂直(z)分辨率(較小的焦點(diǎn)深度),并消除了散焦信號(hào)的影響。由于樣品中每個(gè)可視化點(diǎn)的共焦體積較小(光學(xué)切片),因此,在采集了樣品的所有光學(xué)切片后便創(chuàng)建了最終圖像。因此,更長(zhǎng)的圖像獲取時(shí)間抵消了高分辨率的好處。


    寬視野熒光顯微鏡


    常規(guī)的寬視野顯微鏡沒(méi)有針孔,并且可以同時(shí)收集焦點(diǎn)內(nèi)和焦點(diǎn)外的光信號(hào)。它提供了快速的圖像采集,但分辨率較低。


    歷史解決方案:通過(guò)反卷積獲得更清晰的圖像


    為了了解如何解決寬視場(chǎng)圖像中的模糊問(wèn)題,從看一個(gè)很小的樣本開(kāi)始是有意義的,例如圓形乳膠珠,其尺寸低于顯微鏡的分辨率極限。用顯微鏡在橫向(xy)方向觀察此3D熒光樣品,觀察者會(huì)看到周圍模糊的發(fā)光點(diǎn)投影(圖1)。z堆棧的采集結(jié)果如下圖所示:珠子的側(cè)視圖類似于兩個(gè)圓錐體,它們彼此頂部重疊。此結(jié)果歸因于雜散光,該雜散光在z堆棧采集期間記錄。可以從信號(hào)數(shù)據(jù)中減去該“錯(cuò)誤”信息,從而產(chǎn)生真正代表實(shí)際磁珠的圖像。


    使用寬視場(chǎng)顯微鏡在橫向(xy)和垂直(xz)平面上點(diǎn)光源的投影

寬視野熒光顯微鏡的圖像處理

    使用寬視場(chǎng)顯微鏡在橫向(xy)和垂直(xz)平面上點(diǎn)光源的投影。非常小的發(fā)熒光的乳膠珠代表點(diǎn)光源。在此寬視場(chǎng)顯微鏡圖像中無(wú)法再現(xiàn)其完美的圓形。由于雜散光,珠子的xy視圖顯示周圍有些模糊。在獲取z堆棧后,xz投影使該珠看起來(lái)像沙漏形狀。用顯微鏡觀察時(shí),點(diǎn)對(duì)象的變形是普遍現(xiàn)象。


    點(diǎn)擴(kuò)散功能(PSF)


    為了理解該過(guò)程的基礎(chǔ),有必要引入一個(gè)特殊術(shù)語(yǔ),該術(shù)語(yǔ)在進(jìn)行反卷積時(shí)經(jīng)常使用:點(diǎn)擴(kuò)展函數(shù)(PSF)。


    原則上,圖1中出現(xiàn)的變形現(xiàn)象是由于光學(xué)顯微鏡生成點(diǎn)光源的代表性圖像的能力有限所致。穿過(guò)顯微鏡透鏡的光信號(hào)會(huì)根據(jù)光學(xué)系統(tǒng)的設(shè)置,光的波長(zhǎng),物鏡及其數(shù)值孔徑(NA),浸沒(méi)介質(zhì)的折射率和其他參數(shù)而失真。所有這些影響的結(jié)果(與它們對(duì)光學(xué)系統(tǒng)產(chǎn)生的最終圖像的影響有關(guān))被描述為點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(圖2A和2B)。從物理上講,人們可以認(rèn)為樣品是被PSF纏繞(折疊)的。同時(shí),通過(guò)了解PSF,可以從PSF中“展開(kāi)”樣品。這種“展開(kāi)”稱為反卷積。


    用寬視野顯微鏡拍攝的點(diǎn)對(duì)象(非常小的圓形乳膠珠)的圖像和z堆棧


    用寬視野顯微鏡拍攝的點(diǎn)對(duì)象(非常小的圓形乳膠珠)的圖像和z堆棧。圖像受幾個(gè)參數(shù)的影響,例如系統(tǒng)設(shè)置,數(shù)值孔徑和浸沒(méi)介質(zhì)的折射率。導(dǎo)致圖像失真的所有因素都可以通過(guò)點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(PSF)來(lái)描述。該對(duì)象可被認(rèn)為是與PSF混淆的。如果知道PSF,則可以進(jìn)行反卷積。


    用共聚焦顯微鏡記錄的非常小的乳膠珠的PSF


    用共聚焦顯微鏡記錄的非常小的乳膠珠的PSF。它是通過(guò)收集垂直(xz)平面中的強(qiáng)度生成的。PSF是一種衍射圖,其核心形狀控制著共聚焦顯微鏡的光學(xué)分辨率。


    現(xiàn)在的問(wèn)題是:如何確定PSF?通常通過(guò)計(jì)算來(lái)估計(jì)PSF。當(dāng)提供諸如激發(fā)和發(fā)射波長(zhǎng)峰值以及顯微鏡物鏡的數(shù)值孔徑(NA)之類的信息時(shí),可以通過(guò)計(jì)算機(jī)算法來(lái)計(jì)算PSF的理論值。


    超越反卷積:計(jì)算清算


    徠卡顯微系統(tǒng)公司的THUNDERImager技術(shù)可實(shí)時(shí)提供厚的生物樣本的圖像,并具有鮮明的對(duì)比度,而不會(huì)出現(xiàn)廣角鏡系統(tǒng)常見(jiàn)的霧霾或散焦模糊。它使用了一種稱為計(jì)算清算的方法,該方法超越了反卷積方法。計(jì)算清算實(shí)時(shí)檢測(cè)并消除了失焦區(qū)域中的有害信號(hào),并清楚地揭示了感興趣的聚焦區(qū)域中的所需信號(hào)。它通過(guò)樣本特征尺寸的差異來(lái)區(qū)分散焦和聚焦信號(hào)。特征尺寸和所有相關(guān)的光學(xué)參數(shù)將自動(dòng)考慮在內(nèi)。對(duì)于通常不適合使用標(biāo)準(zhǔn)廣角系統(tǒng)成像的標(biāo)本,計(jì)算清除方法可以成功地以清晰的焦點(diǎn)和對(duì)比度可視化細(xì)節(jié)。而且,它可以與圖像恢復(fù)方法結(jié)合使用。


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