熒光顯微鏡是一種對能發熒光的物質，或經熒光色素染色后能發熒光的物質進行觀察的顯微鏡。它有如下特點：

    熒光顯微鏡特點1、它以紫外光或蘭紫單色光激發標本的熒光。因紫外光是不可見光，故由標本發出的熒光與背景反差很大。熒光顯微鏡通常是在黑暗的背景下觀察彩色圖象的，而普通顯微鏡是在亮的背景下觀察較暗的樣品的。熒光顯微鏡的對比度約為普通顯微鏡的一百倍，因此可觀察到用普通顯微鏡看不到的結構和細節。

    熒光顯微鏡特點2、用肉眼或普通顯微鏡觀察經熒光色素染色的樣品時，只可看到整個標本僅以同一顏色著色。而用熒光顯微鏡觀察時，標本會發出染色色素特有的熒光，呈現出標本的彩色圖案，易于鑒別，可減輕眼睛的疲勞。

    熒光顯微鏡特點3、用熒光色素染色，方法簡單，制作標本容易，有利于快速工作。

    熒光顯微鏡特點4、用于染色的熒光色素只要很低的濃度就能發出明亮的熒光，一般對機體無毒，故有利于活體觀察，如研究功能器官的變化過程和細微結構，某些代謝過程的變化等。

    熒光顯微鏡特點5、利用熒光還有助于分析物質的化學成分。例如，組織中有些重要成分能與藥物起作用而發熒光，拒此可鑒定它們的存在或定位。