熒光原位雜交技術（Fluorescenceinsituhybridization,FISH）:根據已知微生物不同分類級別上種群特異的DNA序列，以利用熒光標記的特異寡聚核苷酸片段作為探針，與環境基因組中DNA分子雜交，檢測該特異微生物種群的存在與豐度。

    FISH技術作為非放射性檢測體系，具有以下優點

    1、熒光試劑和探針經濟、安全；

    2、探針穩定，一次標記后可在兩年內使用；

    3、實驗周期短、能迅速得到結果、特異性好、定位準確；

    4、FISH可定位長度在1kb的DNA序列，其靈敏度與放射性探針相當；

    5、多色FISH通過在同一個核中顯示不同的顏色可同時檢測多種序列；

    6、既可以在玻片上顯示中期染色體數量或結構的變化，也可以在懸液中顯示間期染色體DNA的結構。

    缺點：不能達到100%雜交，特別是在應用較短的cDNA探針時效率明顯下降。